Este jogo mostra o que aconteceu entre o Mega Man Battle Network e o Mega Man Battle Network 2 e estará disponível para o Gamecube.
Já se passou um mês desde que a terrível organização WWW tentou controlar o satélite militar e agora o ciberespaço já tem uma nova ameaça: o devastador Zero Virus. O Mega Man Network Transmission levará os jogadores para dentro da história, um período desconhecido entre os jogos Mega Man Battle Network e Mega Man Battle Network 2.
Usando o sistema já conhecido do Battle Network, os jogadores terão que recolher os chips e equipar o Mega Man com novas armas especiais e equipamento de apoio. Por exemplo, um chip novo aumentará a habilidade de saltar, enquanto cria um escudo de proteção para evitar ataques inimigos.
Este é o primeiro jogo da série Mega Man para o GameCube. E a Capcom resolveu inovar, utilizando a tecnologia de «cel shaded» nos personagens, em adiccão aos gráficos em 3 dimensões. Ao todo, os jogadores vão realizar 100 tipos de ataques diferentes e estilos diferentes de jogar, desde o scroll lateral até combates na terceira pessoa.